کمبود منیزیم رایج‌ترین اخلال تغذیه ای در خیار میباشد و اولین نشانه‌ی آن شروع زردی بین رگبرگها در بخش میانی برگ ها می باشد که بعداً به طرف داخل و بین رگبرگ ها توسعه میابد و به تدریج بافت های تاثیر یافته قهوه ای می‌شوند.

علائم کمبود ابتدا در برگ های مسن‌تر ظاهر که در ادامه ‌پیچ خورده و ضخیم می شوند و پس از آن به بالای گیاه گسترش می‌یابد.این کمبود ممکن است به دلیل ناکافی بودن منیزیم در محیط ریشه و یا پتاسیم و کلسیم اضافی موجود در محیط ریشه بوجود می آید ضمن اینکه  PH پائین نیز باعث محدودیت جذب منیزیم می‌شود تشخیص کمبود با تجزیه برگ مطابق با جدول تعیین حد بحرانی عناصر غذایی نیز امکان‌پذیر می‌باشد. برای برطرف کردن کمبود میتوان از کودهای جامد درخاک و یا کود های مایع و یا سولفات منیزیم 4 در هزار به صورت محلول پاشی نیز استفاده نمود ضمناً با توجه به اینکه خیار یک گیاه منیزیم دوست است بهتر است بعد از شروع باردهی هر 20 روز یکبار محلول پاشی شود البته در خاک هایی که با بخار اساریل شده اند منیزیم به خوبی در دسترس گیاه قرار می‌گیرد. کمبود منیزیم ممکن است در اثر آب گرفتگی آسیب دیده‌گی و یا آلودگی به بعضی بیماریهای ریشه،استرس و در زمان باردهی سنگین نیز اتفاق افتد. لذا توجه به فاکتور های عامل رشد در این مرحله از اهمیت بالایی برخوردار است.